Au nombre de 8, les départements ont pour tâche première l’organisation et la supervision de l’enseignement et de la recherche. Chaque département est composé de plusieurs spécialités qui correspondent, au niveau du CHU, à un ou plusieurs services.

Départements de Médecine Interne A
Départements de Médecine Interne B
Départements de Chirurgie A
Départements de Chirurgie B
Le chef de département: Pr Ag. Wissem Hachfi
Le chef de département: Pr. Ahmed Abdelghani
Le chef de département: Pr. Ali Ben Ali
Le chef de département: Pr. Ag. Khalil Tarmiz
Les spécialités relevant de département:
Dermatologie
Endocrinologie
Hématologie clinique
Maladies infectieuses
Médecine interne
Néphrologie
Radiologie
Réanimation médicale
Les spécialités relevant de département:
Cardiologie
Gastro-entérologie
Médecine physique
Neurologie
Pneumologie
Radiothérapie
Rhumatologie
Les spécialités relevant de département:
Chirurgie Cardio-Vasculaire et thoracique
Chirurgie générale
Chirurgie pédiatrique
Chirurgie plastique et réparatrice
Orthopédie
Urologie
Les spécialités relevant de département:
Chirurgie maxillo-faciale et stomatologie
Neurochirurgie
Ophtalmologie
O.R.L.

Départements de Sciences de base A
Départements de Sciences de Base B
Départements de Santé Communautaire A
Départements de Santé Communautaire B
Le chef de département: Pr. Soumaya Mougou
Le chef de département: Pr Ag. Neila Hannechi
Le chef de département: Pr. Mohamed Bibi
Le chef de département: Pr. Thouraya Ajmi
Les spécialités relevant de département:
Anatomie
Anglais
Biochimie
Biophysique
Histologie
Physiologie
Les spécialités relevant de département:
Anatomie pathologique
Bactériologie-Virologie
Immunologie
Parasitologie
Pharmacologie
Hématologie Biologique
Les spécialités relevant de département:
Gynécologie-obstétrique
Pédiatrie
Néonatologie
Génétique
Les spécialités relevant de département:
Médecine de travail
Médecine légale
Médecine préventive et sociale
Psychiatrie
Pédopsychatrie
Urgences